Die MÜNZER Bioindustrie GmbH ging im Herbst 2009 aus einem Zusammenschluss der Ewald Münzer GmbH mit der BioDiesel Vienna GmbH hervor. Im Allgemeinen entstand die Unternehmensgruppe MÜNZER, welche von Herrn KommR Ewald Münzer gegründert wurde (Bild rechts), im Laufe der 1990iger Jahre im Zuge der weit reichenden unternehmerischen Tätigkeiten der damaligen Muttergesellschaft (Ewald Münzer GmbH), welche teilweise über den gewöhnlichen Unternehmensgegenstand hinausgingen. So wurden unter Federführung der MÜNZER Gruppe unter anderem ein Unternehmen zur grabungsfreien Rohrsanierung (MM Kanal-Rohr-Sanierung GmbH) sowie ein Salzburger Entsorgungsunternehmen (STE KANAL- UND TIEFGARAGENENTSORGUNG GMBH) gegründet.

Ende der 1990iger Jahre erfolgte mit der Gründung der Biodiesel Kärnten GmbH und der damit verbundenen Errichtung, der damalig modernsten Biotreibstoffproduktionsanlage Österreichs, der Einstieg am Sektor der erneuerbaren Energien. Dieses Projekt wurde zusammen mit Land Kärnten und der Rudolf Gruppe realisiert. Im Zuge der unternehmerischen Tätigkeit der MÜNZER Gruppe am Sektor der BioDiesel-Produktion wurde im Jahre 2003 die NEO Natural Energy Oil HandelsGmbH zur Rohstoffaufbringung für die mitteleuropäische BioDiesel-Industrie gegründet.

Im Jahre 2004 entschied sich die MÜNZER Gruppe hinsichtlich einer eigenständigen Projektierung sich aus der Biodiesel Kärnten GmbH zurückzuziehen und setzte mit der Gründung der BioDiesel Vienna GmbH und der damit verbundenen Realisierung der größten und modernsten Biodiesel-Anlage Mitteleuropas ein bis dato beispielloses Projekt am Sektor der Biokraftstoffe in ganz Zentraleuropa um. Hierbei wurde zum ersten Mal eine Biotreibstoffproduktionsanlage in einem europäischen Binnenhafen mit einer Direktleitung zum Hauptabnehmer (1. Biodiesel-Pipeline Europas) und einem beispiellosen Logistikkonzept realisiert. Ferner wurde mit der Umsetzung der BioDiesel Vienna GmbH Wien zur ersten europäischen Hauptstadt mit einer BioDiesel-Anlage somit zur BioDiesel-Hauptstadt Europas.

Im Herbst 2009 wurden die Unternehmen der MÜNZER Gruppe, welche ihren Fokus auf der Erzeugung von erneuerbaren Energien haben, als MÜNZER Bioindustrie GmbH unter der Führung der Geschäftsführenden Gesellschafter Ewald-Marco und Michael Münzer zusammengeführt.